深圳市中醫(yī)院藥學部下設(shè)有中藥科、西藥科、藥品科、臨床藥學科等四個二級科室，提供藥品采購供應(yīng)、處方調(diào)劑、中藥代煎配送、藥學門診、處方審核、用藥咨詢、中藥藥膳食療、保健養(yǎng)生等科普宣傳服務(wù)，具有藥事管理、藥品質(zhì)量控制、教學、科研等職能。構(gòu)建合理用藥為中心的中西藥臨床藥學服務(wù)體系是藥學部主要發(fā)展方向。藥學部現(xiàn)有職工120人，其中藥學專業(yè)技術(shù)人員106人，高級職稱25人（其中中藥人員14人），中級職稱34人。中藥特色技術(shù)傳承人才4人，碩士生導(dǎo)師2人，碩士研究生有13人，博士研究生3人。 藥學部于2017年7月獲批成為“中華中醫(yī)學會中藥臨床藥師培訓基地”，基地有通科、肺病、腫瘤三個專業(yè)，至今年已招收培養(yǎng)9名培訓學員，其中6名學員已順利結(jié)業(yè)。藥學部于2019年獲批成為廣東省中醫(yī)藥局“十三五”重點、特色?？浦兴幩巹ㄅR床藥學）建設(shè)項目單位。臨床藥學科現(xiàn)有臨床藥師9人，其中中藥臨床藥師3名，全日制博士2人，全日制碩士3人，取得中藥臨床藥師培訓師資3人、臨床藥師資格證4人。臨床藥學科現(xiàn)有專業(yè)的抗凝藥師和腸外腸內(nèi)營養(yǎng)藥師各1名。有3名臨床藥師獲得美國藥師協(xié)會藥物治療管理（MTM）資格證，其中1人擁有美國藥師協(xié)會MTM師資證書。臨床藥學科率先在深圳市開設(shè)了藥學門診，為患者提供MTM門診、營養(yǎng)藥學門診、腫瘤藥學門診、抗凝門診、頭痛用藥管理門診、鎮(zhèn)痛用藥管理門診等特色?？品?wù)，并與婦科聯(lián)合開設(shè)了（多囊卵巢綜合征）PCOS?？崎T診。 藥學部于2020年1月獲批為廣東省中藥藥事質(zhì)量控制中心副主委單位，2020年已申報深圳市中醫(yī)醫(yī)療質(zhì)量控制中心中藥藥事主委單位。深圳市中醫(yī)藥學會中藥專業(yè)委員會、中藥房管理專業(yè)委員會,深圳市藥學會中藥管理專業(yè)委員會、臨床中藥學專委會均掛靠在我院藥學部，四個專業(yè)委員會每年聯(lián)合舉辦市級繼續(xù)教育項目，并已舉辦多次中藥主題沙龍或各種中藥競賽。近三年，獲國家級、省級、市級科研立項課題7項。我院藥學部自成立以來，認真貫徹執(zhí)行藥政管理的有關(guān)法令、條例和規(guī)章制度，促進我院合理使用藥品，確保用藥安全有效。