藥學(xué)部是集藥品供應(yīng)，制劑生產(chǎn)及科研教學(xué)工作為一體的綜合性科室，設(shè)有門(mén)診藥房，中心藥房，藥庫(kù)，制劑室，藥檢室，Ⅰ期臨床試驗(yàn)研究室，天然藥物研究室和藥學(xué)情報(bào)資料室。藥學(xué)部在合理用藥、藥品不良反應(yīng)、治療藥物監(jiān)測(cè)（可以開(kāi)展地高辛、環(huán)孢霉素、氨茶堿、卡馬西平、丙戊酸鈉、苯妥英鈉等血藥濃度測(cè)定）。昆明總醫(yī)院國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)辦公室設(shè)在藥劑科，藥學(xué)部還設(shè)有Ⅰ期臨床試驗(yàn)研究室，可以開(kāi)展新藥的藥代動(dòng)力學(xué)、耐受性及生物等效性試驗(yàn)。此外，藥學(xué)部在天然藥物開(kāi)發(fā)尤其是抗菌及抗病毒天然藥物開(kāi)發(fā)方面有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。藥學(xué)部現(xiàn)有專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員50余人，其中主任藥師1人，副主任藥師3人，主管藥師10余人；藥學(xué)部學(xué)歷層次高，分別為博士2人，碩士7人，本科生22人。作為昆明醫(yī)學(xué)院、貴陽(yáng)醫(yī)學(xué)院及大理醫(yī)學(xué)院的本科生實(shí)習(xí)點(diǎn)，每年帶教大學(xué)本科實(shí)習(xí)生20余人。近5年來(lái)，藥學(xué)部獲國(guó)家自然基金2項(xiàng)，云南省科研基金3項(xiàng)，總后科研基金1項(xiàng)，發(fā)表論文100余篇。