藥學(xué)部是集藥品供應(yīng)，制劑生產(chǎn)及科研教學(xué)工作為一體的綜合性科室，設(shè)有門診藥房，中心藥房，藥庫，制劑室，藥檢室，Ⅰ期臨床試驗研究室，天然藥物研究室和藥學(xué)情報資料室。藥學(xué)部在合理用藥、藥品不良反應(yīng)、治療藥物監(jiān)測（可以開展地高辛、環(huán)孢霉素、氨茶堿、卡馬西平、丙戊酸鈉、苯妥英鈉等血藥濃度測定）。昆明總醫(yī)院國家藥物臨床試驗機構(gòu)辦公室設(shè)在藥劑科，藥學(xué)部還設(shè)有Ⅰ期臨床試驗研究室，可以開展新藥的藥代動力學(xué)、耐受性及生物等效性試驗。此外，藥學(xué)部在天然藥物開發(fā)尤其是抗菌及抗病毒天然藥物開發(fā)方面有獨特的優(yōu)勢。藥學(xué)部現(xiàn)有專業(yè)技術(shù)人員50余人，其中主任藥師1人，副主任藥師3人，主管藥師10余人；藥學(xué)部學(xué)歷層次高，分別為博士2人，碩士7人，本科生22人。作為昆明醫(yī)學(xué)院、貴陽醫(yī)學(xué)院及大理醫(yī)學(xué)院的本科生實習(xí)點，每年帶教大學(xué)本科實習(xí)生20余人。近5年來，藥學(xué)部獲國家自然基金2項，云南省科研基金3項，總后科研基金1項，發(fā)表論文100余篇。