病理科是省中醫(yī)院重要臨床輔助科室之一，承擔著甘肅省中醫(yī)院全部組織病理學診斷、細胞病理學診斷。目前開展的病理診斷技術項目包括：全身各個系統(tǒng)的常規(guī)外科病理檢查、病理細胞學檢查、快速婦科感染病原學檢查、術中快速冰凍檢查與診斷、特殊染色、免疫組化、病理圖像分析等，達到三級甲等綜合醫(yī)院的技術標準和水平。特別在是在骨及軟組織腫瘤 、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、婦科腫瘤與感染等疾病的病理學診斷和細胞學診斷、病原學診斷方面積累了豐富經(jīng)驗。