中心的主要任務：1、飛行人員、潛水、潛艇作業(yè)人員醫(yī)學選拔、疾病診療、醫(yī)學鑒定；2、潛水潛艇特殊環(huán)境、裝備與作業(yè)因素條件下傷病機制、健康維護、能力增強技術與裝備的研究；3、航海航空衛(wèi)勤保障人員專業(yè)教育培訓、技術指導與系統(tǒng)支持。 　　中心編制床位80張,年收治傷病員1400余人次。長期以來，中心在完成飛行員、潛水員、潛艇人員醫(yī)療保障工作的同時，積極開展航空航海醫(yī)學的研究，承擔國家各類科研課題十余項。近十年發(fā)表科研論文百余篇，獲科技進步二等獎2項，三等獎5項，。 　　航海航空醫(yī)學中心目前包括特勤人員病區(qū)和綜合內科病區(qū)以及航海航空生理學實驗室、航海航空心理學實驗室、航海航空醫(yī)學勤務與情報中心、艦載航空醫(yī)學保障中心（興城現(xiàn)場）、艦載航空分子生物學實驗室（籌建）等航海航空醫(yī)學相關實驗室。為提高航海航空衛(wèi)勤保障能力發(fā)揮了積極作用。