中醫(yī)科是南靖縣醫(yī)院的中醫(yī)特色科室，有4個副主任醫(yī)師、1個助理執(zhí)業(yè)醫(yī)師。有中醫(yī)內(nèi)科、中醫(yī)骨傷科、中醫(yī)肛腸科。 　　中醫(yī)內(nèi)科發(fā)揮中醫(yī)中藥優(yōu)勢在內(nèi)科慢性、頑固性、疑難性疾病辯證論治上有獨特療效。 　　中醫(yī)骨傷科運用縣醫(yī)院磁共振、CT、DR等現(xiàn)代檢查設(shè)備明確診斷各種骨傷疾病，并運用手法進(jìn)行推拿及骨折整復(fù)；頸椎、腰椎牽引器械牽引治療；康復(fù)科微波、冰敷、熱敷等理療治療。 　　中醫(yī)肛腸科在運用中醫(yī)中藥治療肛腸疾病基礎(chǔ)上，開展微創(chuàng)手術(shù)痔上粘膜吻合器環(huán)切術(shù)、內(nèi)痔套扎器套扎術(shù)、內(nèi)痔硬化劑注射術(shù)；同時開展高位復(fù)雜性肛瘺切開掛線術(shù)、肛周膿腫一期根治術(shù)等各種肛腸科疾病手術(shù)治療。