1940年成立莎車(chē)縣人民醫(yī)院并成立藥劑科，初步建立形成了門(mén)診藥房。1956年成立中藥房和煎藥室。1981年擴(kuò)充住院藥房、滅菌制劑室(大輸液及小針劑)、藥檢室、普通制劑室、中藥制劑室、藥庫(kù)。2015年成立臨床藥學(xué)室，創(chuàng)辦了內(nèi)部刊物《臨床藥訊》及《臨床用藥月報(bào)》。2020年建 立藥學(xué)教研中心，教研中心含科研、藥學(xué)靜脈配置、個(gè)體化用藥監(jiān)測(cè)實(shí)驗(yàn)室、人才培養(yǎng)等為一體。目前，藥學(xué)部設(shè)有臨床藥學(xué)室、門(mén)急診藥房、中藥飲片和中藥顆粒劑藥房、住院藥房、靜脈用藥集中調(diào)配中心等部門(mén)。根據(jù)地方病種另設(shè)結(jié)核門(mén)診藥房、艾滋病門(mén)診藥房、發(fā)熱門(mén)診藥房。藥學(xué)部承擔(dān)著醫(yī)院藥品供應(yīng)、藥事管理、靜脈用藥調(diào)配、臨床用藥評(píng)價(jià)、藥物不良反應(yīng)監(jiān)測(cè)、血藥濃度監(jiān)測(cè)、臨床藥師培訓(xùn)、抗菌藥物管理、臨床藥學(xué)實(shí)驗(yàn)(腸內(nèi)外營(yíng)養(yǎng)學(xué))等工作。