病理學(xué)研究所由基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部病理學(xué)教研室與西南醫(yī)院病理科于2000年合并組建而成。病理學(xué)教研室由著名病理學(xué)家晏良遂教授創(chuàng)立于1942年（時(shí)稱國(guó)立中正醫(yī)學(xué)院病理學(xué)系），1978年成為國(guó)家首批碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，1984年成為博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，2000年獲批為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士后流動(dòng)站。西南醫(yī)院病理科于1963年在病理學(xué)教研室指導(dǎo)下開展工作，1970年獨(dú)立建科，經(jīng)過(guò)老一輩病理學(xué)艱苦創(chuàng)業(yè)和精心培育，逐步發(fā)展成具有一定規(guī)模和優(yōu)勢(shì)的臨床病理科室。重新組建成立研究所后，學(xué)術(shù)隊(duì)伍知識(shí)結(jié)構(gòu)和人才梯隊(duì)更加合理，技術(shù)力量更加雄厚，學(xué)科實(shí)現(xiàn)了優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)和長(zhǎng)足發(fā)展。 　　病理學(xué)研究所集病理學(xué)教學(xué)、臨床病理診斷和科學(xué)研究于一體。常年承擔(dān)學(xué)校?？啤⒈究?、碩士生和博士生各層次病理學(xué)教學(xué)任務(wù)3000余學(xué)時(shí)，在國(guó)內(nèi)最早開展臨床病理診斷專業(yè)病理學(xué)教學(xué)實(shí)踐和研究，教學(xué)質(zhì)量高、效果好，培養(yǎng)了大批優(yōu)秀病理學(xué)專業(yè)人才，先后多人次入選學(xué)?！叭鳎┙處煛?、獲得院?！坝弄?jiǎng)”、校級(jí)以上“優(yōu)秀教師”。先后招收培養(yǎng)了一大批病理學(xué)專業(yè)博士、碩士研究生和博士后研究人員。目前臨床組織病理診斷每年達(dá)4.2萬(wàn)例（其中疑難病例5000余例）、細(xì)胞病理每年達(dá)1.2萬(wàn)例，并接受來(lái)自全國(guó)各地疑難病理會(huì)診1.5萬(wàn)余例；基礎(chǔ)病理研究方面，形成了以創(chuàng)傷分子病理（燒傷內(nèi)毒素血癥損傷機(jī)制）研究為特色、以腫瘤分子病理（血管生成和腫瘤干細(xì)胞）以及相關(guān)診治新方法研究為重點(diǎn)和優(yōu)勢(shì)的科研方向，已取得一系列研究成果，并在國(guó)內(nèi)外具有一定的學(xué)術(shù)影響。目前本實(shí)驗(yàn)室已成為我國(guó)臨床病理診斷、基礎(chǔ)病理研究和專業(yè)人才培養(yǎng)的重要基地之一，在國(guó)內(nèi)外同行中有較大影響。開展20余種組織化學(xué)、數(shù)百種抗體的免疫組化染色和電子顯微鏡技術(shù)以及神經(jīng)病理、移植病理、腎臟病理、出生缺陷病理、法醫(yī)病理等專科病理診斷，形成了一系列學(xué)科特色醫(yī)療技術(shù)，在神經(jīng)、胃腸道、軟組織和骨等部位腫瘤病理診斷方面特色和優(yōu)勢(shì)明顯，同時(shí)還承擔(dān)了來(lái)自全國(guó)各地的大量疑難病理會(huì)診工作。 　　病理學(xué)研究所十分重視科研工作。擁有“腫瘤內(nèi)皮細(xì)胞分離與脈管生成檢測(cè)”、“抗脈管生成藥物合成與高通量篩選”、“腫瘤干細(xì)胞分選與鑒定”、“蛋白質(zhì)組與表觀遺傳學(xué)分析”、“激光顯微切割與組織芯片制備”、“趨化因子受體功能與腫瘤侵襲轉(zhuǎn)移測(cè)定”以及“內(nèi)毒素結(jié)合蛋白鑒定與功能分析”等技術(shù)平臺(tái)；凝練出以“腫瘤血管生成機(jī)制與抗癌新藥研究”為優(yōu)勢(shì)、以“創(chuàng)傷分子病理與防治新措施研究”為特色的重點(diǎn)科研方向，其中“腫瘤血管生成機(jī)制與抗癌新藥”研究團(tuán)隊(duì)并獲批為重慶市第一批高校創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)（聯(lián)合免疫學(xué)科被推薦申報(bào)國(guó)家教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)）。先后主持完成包括國(guó)家“九五”重大科技攻關(guān)計(jì)劃、973計(jì)劃、863計(jì)劃課題、國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目以及重慶市重大重點(diǎn)項(xiàng)目在內(nèi)的省部級(jí)以上科研課題80余項(xiàng)，發(fā)表學(xué)術(shù)論文500多篇（其中包括SCI收錄的國(guó)外期刊論文37篇），獲得包括國(guó)家科技進(jìn)步一、二等獎(jiǎng)、重慶市自然科學(xué)一等獎(jiǎng)和科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)等在內(nèi)的省部級(jí)二等獎(jiǎng)以上科技成果獎(jiǎng)勵(lì)12項(xiàng)、專利8件。與美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)等國(guó)家和香港地區(qū)在人員互訪、人才培養(yǎng)、合作研究等方面建立了良好的交流與合作關(guān)系。目前研究所已成為國(guó)內(nèi)臨床病理診斷、基礎(chǔ)病理研究和專業(yè)人才培養(yǎng)的重要基地之一。