病理學研究所由基礎醫(yī)學部病理學教研室與西南醫(yī)院病理科于2000年合并組建而成。病理學教研室由著名病理學家晏良遂教授創(chuàng)立于1942年（時稱國立中正醫(yī)學院病理學系），1978年成為國家首批碩士學位授權學科，1984年成為博士學位授權學科，2000年獲批為基礎醫(yī)學博士后流動站。西南醫(yī)院病理科于1963年在病理學教研室指導下開展工作，1970年獨立建科，經(jīng)過老一輩病理學艱苦創(chuàng)業(yè)和精心培育，逐步發(fā)展成具有一定規(guī)模和優(yōu)勢的臨床病理科室。重新組建成立研究所后，學術隊伍知識結構和人才梯隊更加合理，技術力量更加雄厚，學科實現(xiàn)了優(yōu)勢互補和長足發(fā)展。 　　病理學研究所集病理學教學、臨床病理診斷和科學研究于一體。常年承擔學校?？?、本科、碩士生和博士生各層次病理學教學任務3000余學時，在國內(nèi)最早開展臨床病理診斷專業(yè)病理學教學實踐和研究，教學質(zhì)量高、效果好，培養(yǎng)了大批優(yōu)秀病理學專業(yè)人才，先后多人次入選學?！叭鳎┙處煛?、獲得院校“育才獎”、校級以上“優(yōu)秀教師”。先后招收培養(yǎng)了一大批病理學專業(yè)博士、碩士研究生和博士后研究人員。目前臨床組織病理診斷每年達4.2萬例（其中疑難病例5000余例）、細胞病理每年達1.2萬例，并接受來自全國各地疑難病理會診1.5萬余例；基礎病理研究方面，形成了以創(chuàng)傷分子病理（燒傷內(nèi)毒素血癥損傷機制）研究為特色、以腫瘤分子病理（血管生成和腫瘤干細胞）以及相關診治新方法研究為重點和優(yōu)勢的科研方向，已取得一系列研究成果，并在國內(nèi)外具有一定的學術影響。目前本實驗室已成為我國臨床病理診斷、基礎病理研究和專業(yè)人才培養(yǎng)的重要基地之一，在國內(nèi)外同行中有較大影響。開展20余種組織化學、數(shù)百種抗體的免疫組化染色和電子顯微鏡技術以及神經(jīng)病理、移植病理、腎臟病理、出生缺陷病理、法醫(yī)病理等?？撇±碓\斷，形成了一系列學科特色醫(yī)療技術，在神經(jīng)、胃腸道、軟組織和骨等部位腫瘤病理診斷方面特色和優(yōu)勢明顯，同時還承擔了來自全國各地的大量疑難病理會診工作。 　　病理學研究所十分重視科研工作。擁有“腫瘤內(nèi)皮細胞分離與脈管生成檢測”、“抗脈管生成藥物合成與高通量篩選”、“腫瘤干細胞分選與鑒定”、“蛋白質(zhì)組與表觀遺傳學分析”、“激光顯微切割與組織芯片制備”、“趨化因子受體功能與腫瘤侵襲轉移測定”以及“內(nèi)毒素結合蛋白鑒定與功能分析”等技術平臺；凝練出以“腫瘤血管生成機制與抗癌新藥研究”為優(yōu)勢、以“創(chuàng)傷分子病理與防治新措施研究”為特色的重點科研方向，其中“腫瘤血管生成機制與抗癌新藥”研究團隊并獲批為重慶市第一批高校創(chuàng)新團隊（聯(lián)合免疫學科被推薦申報國家教育部創(chuàng)新團隊）。先后主持完成包括國家“九五”重大科技攻關計劃、973計劃、863計劃課題、國家自然科學基金面上項目以及重慶市重大重點項目在內(nèi)的省部級以上科研課題80余項，發(fā)表學術論文500多篇（其中包括SCI收錄的國外期刊論文37篇），獲得包括國家科技進步一、二等獎、重慶市自然科學一等獎和科技進步一等獎等在內(nèi)的省部級二等獎以上科技成果獎勵12項、專利8件。與美國、英國、法國等國家和香港地區(qū)在人員互訪、人才培養(yǎng)、合作研究等方面建立了良好的交流與合作關系。目前研究所已成為國內(nèi)臨床病理診斷、基礎病理研究和專業(yè)人才培養(yǎng)的重要基地之一。